இந்தக் கோவில் 1600 ஆண்டு கால பழமை வாய்ந்தது. மேலும் சிவபெருமான் நடராஜராக நடனம் ஆடிய கோவில்களுள் இதுவும் ஒன்று. இது ரஜத(வெள்ளி) சபையாகும். இக்கோவில் நடராஜர் வெள்ளியால் செய்யப்பட்டவர். பல இடங்களில் இடது கால் தூக்கி ஆடிய சிவபெருமான், மதுரையில் பாண்டிய மன்னனுக்காக வலது கால் தூக்கி ஆடினார்.
இக்கோவிலின் தல விருட்சம் கடம்ப மரம். தீர்த்தம் பொற்றாமரை குளமும், வைகை நதியும். இக்கோவிலில் சிறப்பு வாய்ந்த முக்குருணி விநாயகர் சந்நிதியும் உள்ளது.
தல வரலாறு:
மலயத்துவச பாண்டியனும் அவன் மனைவி காஞ்சனமாலையும் புத்திர யாகம் செய்த போது, அக்னியில் இருந்து பார்வதி தேவி குழந்தையாகத் தோன்றினாள். முன்ஜென்மத்தில் காஞ்சனமாலைக்கு செய்து கொடுத்த சத்தியத்தின் காரணமாக பார்வதி தேவி அக்னியில் இருந்து வெளிப்பட்டதாக சிலர் கூறுவர். அக்னியில் இருந்து தோன்றிய பார்வதிக்கு மூன்று மார்பகங்கள் இருந்தன, இதனைக் கண்டு அதிர்ச்சியுற்றான் பாண்டிய மன்னன். அப்போது ஒரு குரல் ஒலித்தது. அவள் எப்போது தன் கணவனை காண்கிறாளோ அப்போது அந்த மூன்றாவது மார்பு மறைந்துவிடும் என்று அந்த குரல் கூறியது. பாண்டியன் மன்னன் மனமகிழ்ச்சியுடன் அந்த குழந்தைக்கு தடாகை என்று பெயரிட்டு வளர்த்து வந்தான். அக்குழந்தை போர்க்கலை,சிற்பக்கலை, குதிரையேற்றம் முதலான ஆய கலைகள் அறுபத்து நான்கையும் கற்று வளர்ந்தாள். 
தடாகைக்கு முடிசூட்ட நினைத்தான் பாண்டிய மன்னன். அக்கால வழக்கப்படி அவள் மூவுலகிலும் எட்டுத்திசையிலும் போரிட்டால்தான் மூடிசூட்டிக்கொள்ளமுடியும். எனவே போருக்கு சென்று தடாகை, பிரம்மன் வீற்றிருக்கும் சத்தியலோகத்தையும், திருமால் வீற்றிருக்கும் வைகுந்த்தத்தையும் வென்றாள். கைலாசத்துக்கு சென்ற போது அங்கிருந்த சிவபெருமானைக் கண்டு வெட்கப்பட்டாள், அவளுடைய மூன்றாவது மார்பு மறைந்துவிட்டது. இதன் காரணத்தை அறிந்த தடாகை, தான் பார்வதியின் மறுவடிவம் என்பதை உணர்ந்து கொண்டாள். சிவபெருமானுடன் மதுரை வந்து மூடிசூட்டிக்கொண்ட பின்னர் சிவபெருமானையே மதுரையில் திருமால் தலைமையில் திருமணம் செய்துகொண்டாள்.
கட்டிடக்கலை:
மதுரை மாநகரத்தின் மத்தியில் அமைந்துள்ள இந்தக்கோவிலுக்கு மொத்தம் நான்கு நுழைவாயில்கள் உள்ளன. பழங்கால தமிழ் நூல்களின் சான்றுகளின் படி இக்கோவில் மதுரையின் மத்தியிலும், கோவிலைச் சுற்றி உள்ள தெருக்கள் தாமரை இதழ்கள் வடிவிலும் அமைந்துள்ளனவாம்!! இப்போது எப்படி இருக்கிறது என்று தெரியவில்லை.
கோவிலின் மொத்த பரப்பளவு, 45 ஏக்கர். இந்தக்கோவிலில் மொத்தம் 12 கோபுரங்கள் உள்ளன. அதில் நான்கு கோபுரங்கள் நான்கு திசைகளை நோக்கி உள்ள நுழைவாயில்கள். இந்த பன்னிரெண்டு கோபுரங்களுள் தெற்கு கோபுரம் மிக உயரமானது. ஒன்பது அடுக்குகளை உடைய தெற்கு கோபுரத்தின் உயரம் 52 மீ.
இங்குள்ள கோபுரங்கள் பல்வேறு மன்னர்களால் பல்வேறு காலங்களில் கட்டப்பட்டவை. கடைசியில் தேவகோட்டை நகரத்தாரால் பழுதுபார்க்கப்பட்டு புதுப்பிக்கப்பட்டது. மீனாட்சி அம்மன் கோபுரம் காளத்தி முதலியார் என்பவரால் கி.பி. 1570ல் கட்டப் பெற்று 1963 ஆம் ஆண்டில் சிவகங்கை அரசர் சண்முகத்தால் புதுப்பிக்கப்பட்டது.. சுவாமி கோபுரம் கி.பி. 1570 ஆம் ஆண்டில் கட்டப் பெற்று திருமலைகுமரர் அறநிலையத்தால் பழுதுபார்க்கப்பட்டது. மேலும் மூலவருக்காக இரண்டு கோபுரங்கள் உள்ளன, அவை இரண்டும் தங்கத்தால் வேயப்பட்டவை.
மேலும் இங்கு பொற்றாமரைக் குளமும் உள்ளது. இந்தக் குளத்தில் தங்கத் தாமரை உள்ளது. முன்னர் சிவபெருமான் ஒரு நாரைக்கு இங்கு கடல்வாழ் உயிரினங்கள் வாழாது என்று வாக்கு அளித்ததால் இந்தக் குளத்தில் மீன்கள் கூட வாழ்வது இல்லை. மேலும் இந்தக் குளம் நல்ல நூல்களை தேர்ந்தெடுக்கும் சக்தி படைத்தது என்றும் நம்புகிறார்கள். நூல்கள், ஓலைச்சுவடிகளை இந்தக் குளத்தில் போடவேண்டும், அவை நல்ல நூல்கள் என்றால் மிதக்கும் இல்லையேல் மூழ்கிவிடும்.
கோவிலில் உள்ள மண்டபங்கள்:
- அஷ்ட சக்தி மண்டபம்
- மீனாட்சி நாயக்கர் மண்டபம்
- ஊஞ்சல் மண்டபம்
- ஆயிரங்கால் மண்டபம்
- வசந்த மண்டபம்
- கம்பத்தடி மண்டபம்
- கிளிக்கூடு மண்டபம்
- மங்கையர்க்கரசி மண்டபம்
- சேர்வைக்காரர் மண்டபம்
சிற்பக்கலை:
ஆயிரங்கால் மண்டபத்தில் பல ஒலிகளைத் தரும் சிலைகள் தூண்களில் செதுக்கப்பட்டுள்ளன. வடக்கு கோபுரத்திற்கு அருகில் ஐந்து இசைத் தூண்கள் உள்ளன. அஷ்ட சக்தி மண்டபத்தில் கலைநயமிக்க எட்டு அம்மன் சிலைகள் உள்ள்ன. இதுமட்டுமல்லாமல் கோவில் கோபுரங்கள், தூண்கள் பலவற்றிலும் பாண்டிய சிற்பிகளின் சிற்பக்கலையை காணமுடியும்.
கிழக்கு கோபுரத்திற்கு அருகில் உள்ள புதுமண்டபத்தில் தலவரலாற்றை விளக்கும் சிற்பங்கள் செதுக்கப்ட்டுள்ளன. சுவாமி சந்நிதியை சுற்றியுள்ள பிரகாரத்தில் சிவபெருமானின் 64 திருவிளையாடல்களும் சிற்பங்களாக காட்சியளிக்கின்றன.
திருவிழாக்கள்:
இங்கு நடைபெறும் சித்திரைத் திருவிழா மிகப் பிரசித்தி பெற்றது. ஆனி மாதம் ஊஞ்சல் உற்சவம், ஆவணி மூலம், நவராத்திரி விழா, கார்த்திகை தீபத்திருவிழா, மார்கழி உற்சவம், தை தெப்பம், பங்குனி உத்திரம் ஆகிய திருவிழாக்கள் வெகு சிறப்பாக கொண்டாடப்படுகின்றன. 
ஆவணி மாத திருவிழா, சிவபெருமானின் 64 திருவிளையாடல்களை கொண்டாடும் விழாவாகும். சித்திரைத் திருவிழா, கோவிலின் தலவரலாற்றை எடுத்துரைக்கும் திருவிழாவாகும்.
கோவில் திறந்திருக்கும் நேரம்: காலை 5 மணி முதல் மதியம் 12.30 மணி வரை மற்றும் மாலை 4 மணி முதல் இரவு 10 மணி வரை.
எப்படி செல்வது?
- மதுரைக்கு சென்னை, கோயம்புத்தூர், திருநெல்வேலி, திண்டுக்கல், திருச்சி போன்ற தமிழகத்தின் பல்வேறு இடங்களில் இருந்து பேருந்து வசது உண்டு.
- மதுரையில் ரயில் நிலையமும் உள்ளது(MDU)
- மதுரையில் விமான நிலையமும் உள்ளது. விமான நிலையம், நகருக்கு வெளியில் அமைந்துள்ளது.
